Fischer dilahirkan di Euskirchen, Cologne, anak Laurenz Fischer, seorang ahli perniagaan, dan isterinya Julie Poensgen. Selepas menamatkan pengajian, beliau ingin mengkaji sains semula jadi, tetapi bapanya memaksa beliau untuk bekerja dalam perniagaan keluarga sehingga menentukan bahawa anaknya tidak sesuai. Fischer kemudian menghadiri Universiti Bonn pada tahun 1871, tetapi beralih ke Universiti Strasbourg pada tahun 1872. Beliau memperoleh kedoktoran pada tahun 1874 di bawah Adolf von Baeyer dengan kajiannya terhadap phthalein dan telah dilantik sebagai jawatan di universiti.